Direcţia management operaţional este succesoare a Statului major al Academiei, care a fost instituit în anul 1992, în contextul statutului oferit instituţiei de Mare Unitate Militară. Primul şef de stat major a fost numit Chiril Livinţa. Statul major îngloba batalioanele, secţia armament şi poligoane şi secţia transmisiuni. La 16 decembrie 1992, în conformitate cu Decretul Preşedintelui Republicii Moldova nr. 248, Academiei Naţionale de Poliţie „Ştefan cel Mare” i-a fost înmânat Drapelul de luptă. În acest context, activităţile protocolare ale ceremoniei au fost asigurate de Statul major al instituţiei.
Ulterior funcţia de şef de stat major au deţinut-o în ordine cronologică Simion Carp, Andrei Roşca, Grigore Beşleaga, Mihail Ciubaciuc, Anatol Balan, Igor Paiu, Viorel Prodan, Ghenadie Chiriţa, Ghenadie Moraru. Activitatea Statului major din partea conducerii Academiei era patronată de către prorectorul pentru pregătirea de luptă. Această funcţie a fost deţinută de către Chiril Levinţa, Simion Carp, Grigore Beşleaga, Mihail Ciubaciuc, Ghenadie Chiriţa. Toate persoanele menţionate, în prezent sunt pensionari ai Academiei şi veterani ai MAI, deținând gradele speciale de colonel în rezervă.
Aplicarea conceptului de demilitarizare în anul 2013 a determinat abandonarea sistemului militarizat, în sensul formei de organizare și management. Acest fapt s-a răsfrânt şi asupra Statului major care a fost reorganizat în Centrul management operaţional, fiind învestit cu atribuţii şi competenţe mai puţin relevante ale specificului militar. Ulterior, pe parcursul modificării structurii Academiei acesta a fost reorganizat mai întâi în Departamentul management operaţional, condus de Ghenadie Ciobanu, apoi în Direcţia management operaţional, a fost condusă de Valeriu Şargarovschi. În prezent, Direcția management operațional este condusă de către comisarul principal Dianu Gordilă.
Printre activităţile ce au înscris pagini de glorie în istoria Academiei „Ştefan cel Mare” a MAI menţionăm următoarele:
1. În anul 1997 la propunerea Statului major al Academiei a fost instituită Garda de Onoare a Ministerului Afacerilor Interne, constituită din efectivul atestat al Statului major şi studenţii instituţiei. În perioada imediat următoare şi până în prezent Garda de Onoare a devenit cartea de vizită a MAI, asigurând toate procedurile protocolare la nivelul ministerului: întâmpinarea delegaţiilor altor state; asigurarea procedurilor de comemorare a eroilor căzuţi pentru Independenţa şi Integritatea Republicii Moldova în Războiul din 1992, precum şi a celor căzuţi la datorie în lupta cu criminalitatea; serbarea și participarea la evenimentele solemne zilelor naţionale şi profesionale (Ziua Independenţei, Ziua Drapelului de Stat al Republicii Moldova, Ziua Limbii Naţionale, Ziua Academiei „Ştefan cel Mare” a MAI, Ziua Poliţiei Naţionale, Ziua funcţionarului public cu statut special al MAI etc.) şi internaţionale (Ziua Europei, Ziua Copilului, Ziua Internațională a Muzeelor etc.), participarea la paradele militare cu ocazia aniversărilor de la proclamarea Independenţei Republicii Moldova, etc.
Un moment de glorie este de menționat faptul că, la 05.03.2012, prin Decretul Președintelui Republicii Moldova nr.546-VI, în semn de înaltă apreciere a meritelor deosebite în dezvoltarea învățământului superior de specialitate și pentru contribuția substanțială la pregătirea cadrelor de înaltă calificare și la educarea tinerei generații în spiritului patriotismului – Academiei i-a fost conferit Ordinul ,,Ștefan cel Mare”.
2. În perioada de 30 de ani de la formarea Academiei „Ştefan cel Mare” efectivul DMO şi cel studenţesc au participat la 3 parade militare desfăşurate cu prilejul sărbătoririi aniversării a 20-a, aniversării a 25-a şi sărbătoririi aniversării a 30-a de la proclamarea Independenţei Republicii Moldova.
3. Efectivul constant al instituției sub conducere Direcţiei management operaţional a participat în medie câte 100 de zile anual, la acţiunile de menţinere, asigurare şi restabilire a ordinii publice în municipiul Chişinău şi în alte localităţi ale Republicii Moldova (serviciul de patrulare, apărarea obiectelor de o importanţă majoră, paza buletinelor de vot, etc.).
4. Acţiuni de voluntariat asigurate prin acordarea ajutorului logistic la diverse mănăstiri, biserici, grădiniţe, instituţii şcolare, case de copii, aziluri de bătrâni, monumente, parcuri, etc.
5. Acţiuni în cadrul campaniei „Cunoaşteţi Eroii” în localităţile din toate municipiile şi raioanele ţării unde sunt înhumaţi eroii căzuţi în Războiul din 1992 şi cei care au căzut la datorie în lupta cu criminalitatea, precum şi cei care nu s-au întors la baştină de la Războiul din Afganistan (acţiuni cultural-educative în gimnazii şi licee prin desfăşurarea orelor educative cu referire la Războiul din 1992 şi faptele eroilor din localitate, inaugurarea plăcilor comemorative în memoria eroilor, acordarea ajutoarelor materiale familiilor eroilor etc.).