În anul 2022-2025 Academia a fost supusă unui proces de reorganizare unde au fost efectuate modificări în structura, organigrama și statutul de organizare al Academiei „Ștefan cel Mare” a MAI prin ordinul MAI nr.651 din 11.10.2019, cu modificările ulterioare din 2022 şi 2025 fiind aprobată o nouă organigramă a Academiei. În contextul ultimelor reorganizări, Academia a fuzionat cu Centrul de Excelență în Securitatea Frontierei din or. Ungheni (Anexa 1.10).
Centrul de Excelență în Securitatea Frontierei a fost o instituție de învățământ profesional tehnică cu programe combinate în domeniul securității frontierei, creat pe baza Centrului de pregătire a grănicerilor, reformat ulterior în Colegiul Național de Grăniceri, prin Hotărârea Guvernului nr. 23 din 10 ianuarie 2007 (Anexa1.11), care își începe activitatea la 1 septembrie 2007.
În urma reformei Serviciului de Grăniceri în Poliția de Frontieră, Colegiul Național de Grăniceri este reorganizat în Colegiul Național al Poliției de Frontieră, ulterior în conformitate cu Hotărârea Guvernului nr. 957 din 07 noiembrie 2017 (Anexa 1.12), Colegiul Național al Poliției de Frontieră se reorganizează prin transformare în Centrul de Excelență în Securitatea Frontierei – instituție de învățământ profesional tehnic cu programe combinate în domeniul securității frontierei, fiind succesorul misiunii, funcțiilor, atribuțiilor, drepturilor și obligațiilor Colegiului Național al Poliției de Frontieră.
Astfel, instituția a evoluat și a devenit unica școală profesional-tehnică din Republica Moldova dedicată exclusiv formării polițiștilor de frontieră.
Misiunea instituției este de a asigura formarea inițială și continuă a personalului Poliției de Frontieră.
Obiectivul general al instituției este de a desfășura procesul de învățământ pentru formarea aptitudinilor și perfecționarea deprinderilor polițiștilor de frontieră necesare îndeplinirii la nivel înalt a misiunilor de supraveghere și control al frontierei de stat, însușirea prevederilor legislației și aplicarea normelor legale din domeniul de competență.
În ianuarie 2025, Centrul de Excelență în Securitatea Frontierei trece din subordinea Inspectoratului General al Poliției de Frontieră în cea a Academiei „Ștefan cel Mare” a Ministerului Afacerilor Interne. Odată cu fuzionarea, instituția își continuă activitatea de bază, formând subofițeri în securitatea frontierei. Procesul de fuziune nu a afectat continuitatea studiilor, astfel elevii și cadrele didactice au putut să își desfășoare activitatea în aceleași condiții, beneficiind în același timp de resursele și infrastructura extinsă a Academiei „Ștefan cel Mare”. Această integrare a deschis noi oportunități de dezvoltare profesională, prin acces la programe interdisciplinare, platforme digitale moderne și colaborări academice mai largi. În plus, statutul de parte integrantă a Academiei conferă instituției o vizibilitate sporită și consolidează rolul său în formarea subofițerilor dedicați securității frontierei.